Összes szerző

Erdős Gábor

az alábbi absztraktok szerzői között szerepel:

Erdős Gábor
Szerkezet alapú partner predikció lineáris motívum kötő fehérjékhez

Aug 29 - csütörtök

08:30 – 08:45

Elméleti biofizika

E34

Szerkezet alapú partner predikció lineáris motívum kötő fehérjékhez

Erdős Gábor1, Dosztányi Zsuzsanna1

1 MTA-ELTE Lendület Bioinformatikai kutatócsoport

A rövid lineáris motívumok a fehérjék kompakt funkcionális régiói, amelyek specifikus globuláris doménekhez kapcsolódnak. Az ilyen jellegű kölcsönhatások alapvetően fontosak a biológiai rendszerekben; részt vesznek tranziens fehérje komplexek kialakításában, a sejten belüli lokalizáció, vagy a fehérje sorsának meghatározásában.

Az LC8 egy lineáris motívumot kötő, rendkívül jól konzervált eukarióta homodimer fehérje. Elsőként a dynein motor komplex részeként írták le, ám mára több mint 60 új kötőpartnerét azonosították. Az eddig feltárt kölcsönhatások közül többnek ismert a szerkezete, és ezek nagyon hasonló kötési mechanizmust írnak le. A fontossága ellenére az LC8 fehérje pontos funkciója máig ismeretlen, és kölcsönhatási hálózata még csak részben feltárt.

A már ismert kötőpartnerek lehetőséget adnak szekvencia vagy szerkezeti alapú predikciós eljárások kidolgozására, amelyek alapján további partnerek azonosíthatóak, azonban a jelenlegi módszerek több szempontból is limitáltak. A szekvencián alapuló módszerek nem képesek arra, hogy új típusú kötőmotívumot azonosítsanak, a szerkezet alapú predikciós módszerek pedig nem működnek megfelelően lineáris motívumok esetében. Kutatásunk célja egy olyan módszer kifejlesztése, amely a kötődomén háromdimenziós szerkezete és kötőmechanizmusa alapján képes új kötőpartnerek azonosítására.

Az általunk kidolgozott módszer egy minden vizsgált rendszerre egyedi energiafüggvényen alapul, ami statisztikus potenciál alapján jellemzi a kölcsönhatást. A módszer lényege, hogy a Boltzmann statisztika alapján maximalizáljuk egy adott szerkezethez kötődő partnerek valószínűségét egy véletlenszerűen generált sokaságban. Eredményeink szerint a módszer képes jól kiválasztani az LC8 fehérje már ismert partnereit egy véletlen halmazból, anélkül hogy túl restriktív lenne új típusú motívumokkal szemben. Az energiafüggvény lehetőséget ad a molekuláris felismerésben fontos biofizikai tényezők felismerésében, és alkalmazható olyan rendszerekre is, amelyeknek szerkezete ismert, de a kötőmotívumát még nem írták le.