Összes szerző

Dudás Bálint

az alábbi absztraktok szerzői között szerepel:

Dudás Bálint
Aktív RalF azonosítása és vizsgálata a Molecular Dynamics with Excited Normal Modes módszer segítségével

Aug 27 - kedd

17:00 – 19:00

I. Poszterszekció

P4

Aktív RalF azonosítása és vizsgálata a Molecular Dynamics with Excited Normal Modes módszer segítségével

Dudás Bálint1,2, Francois Perous3, Jacqueline Cherfils3, David Perahia3, Balog Erika1

1 Semmelweis Egyetem, Biofizikai és Sugárbiológiai Inézet, Budapest

2 Pázmány Péter Katolikus Egyetem, ITK, Budapest

3 Laboratoire de Biologie et de Pharmacologie Appliquée, Ecole Normale Supérieure Paris-Saclay, Párizs

Az Arf GTPázok a lipid- és membránforgalom legjelentősebb szabályozói. A nyugalmi állapotban lévő sejtben GDP-kötött állapotukban találhatóak meg. A sejt agonista gerjesztésének hatására GEFek (guanin kicserélő faktorok) közreműködésével a kötött GDP GTP-re cserélődik. Ennek eredményeként az Arf aktivált membránkötött konformációt ölt és specifikusan további effektorokkal hat kölcsön.

A célsejt meghódítása érdekében és annak megsemmisítése ellen a bakteriális károkozók effektor fehérjéket injektálnak a gazdasejt citoszoljába, melyek sokszor kis GTPázok eltérítő szabályozóiként működnek. A legionella pneumophilia, a baktérium, mely súlyos tüdőgyulladást okoz (Legionárius betegség) nagy mennyiségű effektort injektál a célsejtbe. Ezek átalakítják a membránforgalmat és létrehoznak egy vakuólumot (membránnal határolt üreget), ahol a baktérium elrejtőzhet és osztódhat. Egyik ilyen effektor a RalF fehérje, amely eltéríti a gazdasejt Arf1 fehérjéjének normális működését.

A citoszolban a RalF fehérje autoinhibitált állapotban van jelen és jelentős szerkezeti változáson kell átesnie, hogy elérje a membrán-kötött aktivált konformációt. Az MDeNM (Molecular Dynamics with Excited Normal Modes) módszer alkalmazásával prezentáljuk a RalF autoinhibitációból való feloldásának mechanizmusát és membrán-kötött aktivált konformációját.

A mechanizmust az MDeNM módszerrel való konformációs feltérképezés, majd ennek az eredményének kísérleti adatokon alapuló szűrése révén fedjük fel. Kutatásunkban megjelenik a RalF két aktivációs állapotának összehasonlítása, az aktivációban kulcs fontosságú aminosavakat beazonosítjuk.

A GEF-szerű RalF és kis GTPáz Arf1 fehérjék közötti kölcsönhatási minta is feltárásra kerül, mindkét félben a kulcsfontosságú aminosavak beazonosításával.